Program Studi Pendidikan Agama Kristen adalah program studi yang menghasilkan sarjana Pendidikan Agama Kristen yang memiliki integritas dan mengembangkan potensi diri secara aktif dan kreatif. Lingkup pelayanan alumni PAK adalah sebagai tenaga pendidik (guru) PAK dalam sekolah Dasar, Sekolah Menengah Pertama dan Sekolah Menengah Atas/ Kejuruan. Para alumni juga banyak yang berperan dalam gereja-gereja lokal diberbagai denominasi gereja yang ada di pulau jawa maupun luar jawa.

Program studi PAK Universitas Kristen Immanuel mempersiapkan mahasiswa untuk mampu mengajar diluar, tidak hanya di sekolah-sekolah, tetapi di dalam gereja-gereja juga. Program studi ini mempersiapkan lulusan PAK supaya bisa mengajar kesemua umur, baik SD, SMP, maupun SMA/SMK. Program studi PAK menyajikan 4 mata kuliah pilihan yang berhubungan dengan pendalaman materi PAK yang dapat dipilih oleh mahasiswa untuk mendalami minatnya dalam mengajar PAK, baik SD, SMP maupun SMA/SMK.